ez-fasta

Модуль для работы с данными в fasta-формате.

Installation

Для работы требуется node.

npm install ez-fasta

Usage example

const fasta = require('ez-fasta');

fasta
  .read('./pathTo.fasta')
  .then(data => console.log(data))

Хорошо работает с async/await:

async function analyze(folder) {
  const samples = await fasta.readFromFolder(folder);
  const reference = await fasta.readSingle('./path/to/reference.fa');
  const dataset = [reference, ...samples];

  // Do your stuff
  // align(dataset)

  for (sample of samples) {
    // Do your stuff
    console.log(`${sample.label} - ${sample.sequence.length} bp`);
  }

  return;
}

read(path) - читает файл (fasta) и возвращает промис для массива из объектов вида [... { label, sequence }].

readSingle(path) - прочитает только первую последовательность из fasta-файла (даже если их там несколько), возвращает промис с объектом { label, sequence }.

readFromFolder(path) - читает все файлы из папки и возвращает промис для массива из объектов вида [... { label, sequence }]. Внимание! Эта функция не делает никаких предварительных проверок на валидность входящих файлов и читает всё подряд.

write(data, path) - создаёт корректный fasta-файл из объекта { label, sequence } или из массива объектов [... { label, sequence }].

Take a look at mtget, a tiny nodejs program, if you need to download fasta sequences from GenBank.